Après la cathédrale de Bayonne, elle est l’édifice gothique le plus important du Pays Basque français. Elle est inscrite aux Monuments Historiques depuis 1925.
La porte à herse et le portail d’entrée encore intacts remontent au XIIIème siècle ainsi que les soubassements à caractère gothique de l’édifice, côté Nive. Elle a été agrandie par la suite.
A l’intérieur, c’est un ensemble sobre de murs, piliers et colonnes de grès rose. Deux bas-côtés entourent une grande nef. Dans le chœur, Saint-Jean-Baptiste, le patron de la ville, et la Vierge Marie, la patronne de l’église. Des travaux ont mis à jour des enfeus, sépultures sans doute de Seigneurs de Navarre.